Как предполагает M4N, планировщик задач Windows позволяет вам настраивать задачи, которые можно запускать с помощью командной строки.
Другое решение - хранить описания задач и запланированное время в таблицах базы данных.Попросите службу при инициализации создать таймер (System.Timers.Timer или System.Threading.Timer), который запускает обратный вызов каждые 60 секунд.На этом обратном вызове выполните любые задачи, которые должны быть выполнены.