Я полагаю, вы говорите о Windows.Чтобы установить общесистемную переменную PATH, вы должны щелкнуть правой кнопкой мыши «Мой компьютер», перейти в «Дополнительно», щелкнуть «Переменные среды», и там вы найдете переменную PATH, которую вы можете изменить (в системных переменных).
Редактировать: для Linux загрузка .so (динамическая библиотека ссылок для linux) выполняется с помощью переменной среды LD_LIBRARY_PATH, которая должна содержать каталог .so.
Таким образом, вы можете иметь скриптзапуск вашей программы, которая делает (просто пример):
#!/bin/bash
export LD_LIBRARY_PATH=/install_directory
java -jar /install_directory/myjar.jar