Если вы используете сериализацию Java по умолчанию, вы можете переопределить методы, используемые для сериализации и десериализации. Эти методы:
private void writeObject(ObjectOutputStream out) throws IOException
private void readObject(ObjectInputStream in) throws IOException, ClassNotFoundException
Просто вызовите метод «по умолчанию» для каждого из них: out.defaultWriteObject (out) и in.defaultReadObject (in).
Существует очень подробная статья о сериализации Java на http://java.sun.com/developer/technicalArticles/Programming/serialization/