Да.
Существует компонент AS3, который позволяет читать и записывать данные из zip-файлов, и демонстрация также показывает, что можно увидеть структуру папок.
http://www.nochump.com/blog/?p=15
Я не использовал этот компонент сам, но если я правильно предположил, что вы создаете приложение AIR, то этот компонент может автоматически создавать папки, в противном случае вы можете использовать API файловой системы для создания правильных папок самостоятельно.
Удачи!