Как правило, при добавлении нового сайта это будет иметь другой каталог для любого ранее существующего сайта. Например, IIS поставляется с предварительно настроенным сайтом «Веб-сайт по умолчанию», и физический путь для этого обычно указывает на:
%SystemDrive%\inetpub\wwwroot
Обычно вы не создадите второй сайт, который также указывает на этот каталог. Например, вы можете настроить второй сайт для указания (или любого другого предпочтительного местоположения):
%SystemDrive%\inetpub\wwwroot_secondsite\
Тем не менее, если вы действительно хотите иметь несколько сайтов с одинаковым физическим путем, тогда вы сможете использовать свойство Microsoft.Web.Administration.ServerManager.Sites
для перечисления всех текущих сайтов и извлечения физического пути.