Вы должны попробовать опубликовать образец дайджеста, сгенерированного SSCrypto и PHP.Я предполагаю, что дайджесты совместимы друг с другом - что SSCrypto может проверять дайджесты, созданные PHP и наоборот, - и что вы просто не понимаете, как работает дайджест, совместимый с PKCS # 1.См., Например, это:
http://www.frostjedi.com/phpbb/viewtopic.php?p=120212#p120212
Кроме того, я бы рекомендовал использовать phpseclib, чистую реализацию PHP RSA .Проще получить поддержку, он поддерживает открытые открытые ключи RSA (например, ключи RSA, не инкапсулированные в сертификате X.509), проще в использовании и т. Д.