Кто-нибудь знает лучшие практики Microsoft по нумерации портов при создании отдельных веб-приложений?
Нет ни одного, вы можете использовать номера портов или заголовки хоста, как вам угодно
Я бы рекомендовал не использовать номер порта менее 1023, исключительный порт 80 (для локального хоста), вы можете найти подробную информацию о портах TCP и UDP здесь