Убедитесь, что файлы jar, используемые во время выполнения, имеют ту же версию, что и файлы jar, использованные для компиляции кода.
Если это не решит вашу проблему (и, скорее всего, не решит), поместите jar-файлы, поставляемые с Hibernate Tools, в ваш путь к классам вместо тех, которые вы используете прямо сейчас. Технически, это может произойти, если один из используемых вами jar-файлов содержит классы, которые были скомпилированы с использованием определенной версии другого jar-файла, который отличается от того, который у вас есть в вашем classpath.