Можете ли вы сделать так, чтобы новый класс наследовал от старого? Если это так, может быть, вы можете просто десериализовать в новый через кастинг.
Если нет, другим возможным решением является реализация пакетной операции, в которой вы включаете ссылку на старый класс и новый класс в различных пространствах имен, увлажняете старый объект, выполняете глубокое копирование в объект нового класса и сериализуете новый объект.