Церкмс говорит, что так и есть - плагин Eclipse следует стандартному поведению Mercurial.
Однако вы можете включить опцию ', предварительно выбирая отслеживаемые файлы в диалоге фиксации ' в настройках, чтобы получить значение по умолчанию для добавления при фиксации. :)