Для этого очень хорошим подходом будет использовать DocBook
написать свои статьи, а затем позволить инструментам генерировать HTML и PDF-файлы, которые вам нужны, с помощью лишь небольшого количества настроек внешнего вида.
Для DocBook существует множество доступных инструментов, но очень хороший, бесплатный для открытых источников и ученых: XMLMind
Если ваши статьи более технически ориентированы, чем DocBook является квази-стандартом (даже многие издательства, такие как O'Reilly, используют его)
Конечно, в «чистой» области академики, LaTex вполне стандарт (и позволяет иметь вывод во множестве форматов), но требует достаточно много, чтобы изучить его, и нет истинных WYSIWYG инструменты для написания статей. Если вы намереваетесь отправить статьи и в некоторые исследовательские работы, то они очень рады принять ваш вклад LaTex.