с использованием Eclipse 3. * (я думаю, он не изменился с 3.0)
Нажмите на меню «Окно / Настройки»
Выберите Общее / Рабочая область.
отобразит панель, содержащую подпанель под названием «T ext file encoding» , позволяющую выбрать платформу по умолчанию или конкретную.