Они оба выполняют одно и то же - подписывание кода. Как вы указали, принципиальное отличие состоит в том, что signcode
требует, чтобы закрытый ключ и сертификат издателя программного обеспечения были в двух отдельных файлах (.pvk, .spc).
Более современный signtool
требует, чтобы они содержались в одном файле обмена личной информацией (.pfx). (Вам также нужен формат файла .pfx, чтобы использовать инструментарий подписи PAD Ассоциации Shareware Professionals.)