В phpMyAdmin версии 3.5.5 перейдите на вкладку «Обзор» и перетащите столбцы в нужное место для изменения порядка (например, если у вас есть столбцы с именами A, B, C, все, что вам нужно сделать, это перетащить столбец Cмежду A и B, чтобы изменить порядок как A, C, B).