Это будет детективная работа, поскольку у меня будет больше вопросов, чем у вас.
I have a project folder with merged J2ee application and standard java application
Это различие кажется мне немного размытым.У вас есть одна папка проекта для двух приложений?Было бы легче, если бы они были разделены.Является ли ваше стандартное Java-приложение автономным приложением, которое можно запустить из командной строки?Набор служебных классов, таких как библиотека?
I want to have separate log files 1 for my web application and another 1 for my standard application
Я полагаю, что здесь кроется ваша проблема.Если вы используете библиотеки своего стандартного приложения в своем веб-приложении, то во время загрузки сервер приложений найдет два файла log4j.properties в пути к классам.Вы не можете быть уверены на 100%, как это будет себя вести.
When I ran both web app and standard app specifying only the file name, the log file for my webapp is created in the web server directory but my standard java app log file is created inside my WAR directory.
Запуск веб-приложения с указанием только имени файла неясен.Какое имя файла?Когда вы называете свой каталог WAR, вы имеете в виду каталог вашего веб-приложения, который также находится внутри каталога вашего веб-сервера, или каталог в папке проекта вашей IDE (я предполагаю, вы используете Eclipse)?
I want the log file for my standard java app and my web app to be placed in the root folder that is why I specified in both log4j.properties absolute path to that folder.
Корневая папка, как / в * nix?Если вы хотите, чтобы они оба были помещены в одну папку, вам следует удалить один из файлов log4j.properties.
The problem is the only created log file depends on which log4j.properties file was detected and logs for both my web app and standard java app was written on that one file
Да.Вам нужен только один файл log4j.properties.