Вы можете использовать:
iisreset.exe [имя_компьютера]
В противном случае все зависит от того, хотите ли вы перерабатывать только рабочие процессы или как? Вы можете использовать SCM для запуска и остановки w3SVC или FTP. Или используйте AHADMIN для переработки отдельных пулов приложений.