Вы должны были использовать соответствующую привилегию для установки
sudo python setup.py install
Другой вариант - использовать virtualenv для создания изолированной среды, в которую вы можете установить
Другим способом является слишком частая установка там, где у вас есть разрешение.
python setup.py install --home=<dir>
см. Также альтернативную установку unix с префиксом опции
python setup.py install --prefix=/usr/local
Подробности этих параметров см. В документации: http://docs.python.org/install/
Если вы спросите мое предпочтение, это будут virtualenv, virtualenvwrapper, pip и yolk для управления внешними модулями. Google для них