Не уверен, что вы подразумеваете под "конфигурационным файлом View Area" (вы имеете в виду web.config в вашем регионе?).
Попробуйте явно включить пространство имен в CSHTML:
@using MvcWebApplication1.Helpers.MyCustomHelpers
Кроме того, вы можете зарегистрировать пространство имен в web.config:
<system.web.webPages.razor>
<host factoryType="System.Web.Mvc.MvcWebRazorHostFactory, System.Web.Mvc, Version=3.0.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=31BF3856AD364E35" />
<pages pageBaseType="System.Web.Mvc.WebViewPage">
<namespaces>
<add namespace="System.Web.Mvc" />
<add namespace="System.Web.Mvc.Ajax" />
<add namespace="System.Web.Mvc.Html" />
<add namespace="System.Web.Routing" />
<add namespace="MvcWebApplication1.Helpers.MyCustomHelpers" />
</namespaces>
</pages>
</system.web.webPages.razor>
ПРИМЕЧАНИЕ. Была проблема с регистрацией пространства имен в Razor в MVC3 Preview, но она была исправлена в бета / RC1. См. здесь для получения дополнительной информации.