1.Как создать новую очередь для MSMQ через asp.net
Чтобы создавать очереди на лету, вы можете использовать System.Messaging
в .NET - см., Например, эту статью накак это сделать .
2.Как мне запланировать что-то в wcf?
Почему вам нужно запланировать что-то в WCF?Что вы пытаетесь сделать, пытаетесь достичь здесь ??
WCF - это сервис-ориентированная среда - она связана с сообщениями и тому подобным, а не с расписанием.