Вы можете сделать это через Ajax.Вам понадобится простое представление Django, которое обновляет переменную сеанса, которую jQuery будет вызывать:
def update_session(request):
if not request.is_ajax() or not request.method=='POST':
return HttpResponseNotAllowed(['POST'])
request.session['mykey'] = 'myvalue'
return HttpResponse('ok')
и JS:
$.post('/update_session/', function(data) {
alert(data);
});