Скорее всего, вы создали свое окно следующим образом:
ml is your MediaLocator
videoPanel is where your adding the video window too
Player player = Manager.createRealizedPlayer(ml);
Component video = player.getVisualComponent();
video.setSize(videoPanel.getSize());
video.setPreferredSize(videoPanel.getPreferredSize());
videoPanel.add(video);
player.start();
Тогда простым решением было бы не добавлять компонент видео на панельи позвоните player.stop();
Но без какого-либо примера вашего кода все, что я могу сделать, это спекулировать.
Надеюсь, это поможет