Я не уверен, но, возможно, вам нужен идентификатор в таблице features_simulations. Идентификатор не требуется, если вы используете отношения has_and_belongs_to_many. Но я думаю, что для has_many: через, вам нужен столбец id в таблице соединений.
Попробуйте добавить его в миграцию:
add_column :features_simulations, :id, :integer, :primary_key