IIS7 имеет две опции на «веб-сайте». В IIS6 вы бы добавили подприложение в качестве «Добавить виртуальный каталог ...» в IIS7, что заставило бы вас сохранить ту же версию AppPool и, следовательно, .NET Framework, что и веб-сайт.
Но в IIS7 теперь есть опции «Добавить приложение ...», которые позволяют вам по существу делать то, что IIS6 разрешил, так что вы можете явно указать AppPool для запуска, и он может отличаться от родительского сайта.