Общий способ заключается в том, чтобы указать в ваших README и INSTALL, что вы зависите от библиотеки, и что пользователь должен загрузить и установить библиотеку shared . Затем создайте ссылку на эту общую библиотеку во время компиляции.
Никогда не помещайте исходный код в свое собственное приложение, если нет веских причин (например, gnulib).
Ваше приложение не должно иметь ничего общего с установкой стороннего пакета - оставьте это пользователю. Когда они используют rpm, deb, ports или portage с пакетами, которые вы собираете, которые сообщают, от чего это зависит, другой пакет будет установлен автоматически.