Если у вас установлен ImageMagick, он поставляется с двумя утилитами: mogrify и identifier.
Чтобы добавить комментарии:
$ mogrify.exe -comment "My test comment" plogo.png
Чтобы получить комментарии:
$ identify.exe -verbose plogo.png | grep -i "comment:"
comment: My test comment
Я не знаю, доступны ли функции mogrify / identifier в виде библиотек PHP, но вы всегда можете использовать команду php system
.