хорошо, как вы уже прочитали, вы можете установить только аутентификацию windows или форм в веб-приложении, в вашем случае я бы выбрал auth формы, поскольку он позволяет вам делать практически все, что вы когда-либо нужно.
Win auth, на мой взгляд, является хорошим выбором, если это будет нечто закрытое и недоступное для кого-либо, кроме компании, даже тогда я бы рассмотрел аутентификацию форм, поскольку чувствую, что могу лучше контролировать все. Если вам абсолютно необходимы оба варианта, вам нужно превратить их в отдельные приложения.