Вы можете использовать PyCrypto , который был перенесен в google-app-engine.
Конечно, вы никогда не должны хранить действительные пароли. Хранения хеша должно быть достаточно. Когда пользователь вводит свой пароль, вы снова его хешируете и сравниваете с сохраненным значением.
Вы, конечно, должны получать пароли только через https, который поддерживается в google-app-engine (хотя только через ваш домен appspot )