Я понимаю, что вы создаете эти флажки динамически?
В таком случае, храните их как глобальные члены класса, самый простой способ - иметь их список:
List<HtmlInputCheckBox> arrCheckboxes = new List<HtmlInputCheckBox>();
...
...
HtmlInputCheckBox myCheckbox = new HtmlInputCheckBox();
arrCheckboxes.Add(myCheckbox);
...
Это C #, но его легко перевести на VB - в любом случае, у вас есть доступ к списку, и он должен работать.
В худшем случае в качестве "последнего средства" вы можете просто выполнить итерацию всей коллекции Request.Form и найти ключи с именем, соответствующим имени флажка.