Я не думаю, что несколько тысяч записей должны создавать нагрузку на вашу базу данных; даже мой ноутбук должен справиться с этим приятно. Ваша самая большая проблема может быть (приходите) гигантскими таблицами, если вы не делаете никакой очистки или разбиения. Избегайте преждевременной оптимизации в этой части.
Что касается вашего метода, убедитесь, что вы делаете каждого пользователя (или пакет) в отдельной транзакции. Если mysql, убедитесь, что вы используете innodb, чтобы избежать ненужной блокировки. Если вы уже используете базу данных innodb / postgres / other, которая поддерживает транзакции, вы можете значительно увеличить производительность.
Подумайте об использовании COPY (по крайней мере на postgres - не уверены насчет mysql).
Убедитесь, что ваша таблица правильно проиндексирована (включая удаление неиспользуемых). Индексы повреждают скорость вставки.
Не забывайте регулярно оптимизировать / вакуумировать.