Как exe записывает свой вывод?Это просто запись в консоль?Если это так, вы можете направить его в файл, используя> или >>.
Например:
C:\>dir >> dir.txt
Создает текстовый файл с выводом команды dir.
">" создает новый файл каждый раз, в то время как ">>" добавит файл, если он уже существует.