Вы ищете одну страницу для каждого счета или для счета, который объединяет все заказы? Меню массовых действий (в котором вы устанавливаете флажки в списке заказов, а затем используете выпадающий список для фактического выполнения действия) позволит вам сразу распечатать несколько магазинов и объединить каждое из них в PDF.
Если вы хотите объединить заказы, вам нужно написать собственный код, чтобы объединить детали заказа перед печатью.
Файл, который вы хотите клонировать и использовать, - Mage_Sales_Model_Order_Pdf_Invoice. Все классы Order_Pdf_* реализуют Mage_Sales_Model_Order_Pdf_Abstract, поэтому убедитесь, что вы также основываетесь на этом классе.
На уровне контроллера посмотрите на Mage_Adminhtml_Sales_OrderController::pdfinvoicesAction код, который должен объединять заказы и генерировать PDF.