Вы могли бы сделать это с помощью регулярных выражений, но использование этих собственных свойств, возможно, является лучшим способом сделать это.
var url = 'subdomain.domain.com/file.php?id=1',
a = document.createElement('a');
a.href = 'http://' + url;
var path = a.pathname + a.search; // /file.php?id=1
Посмотреть на jsFiddle.net