Я не уверен, но я думаю, что есть разница.
В примере # 1 есть только входные элементы для прохода и выборки элементов с заданным className, это должно быть (много?) быстрее, чем обходить все узлы-элементы (как в примере №2)
Также должно зависеть от версии браузера, я думаю, jQuery также будет использовать такие вещи, как getElementsByClassName () или querySelectorAll (), если доступно.