Rinjadel - это блочная система шифрования, поэтому в любом случае она обрабатывает только небольшие куски данных - 128 бит за раз. Вы можете использовать выход блока как вход для следующего блока.
Я думаю, может быть, проблема в вашей реализации, а не в методе шифрования.
Поможет размещение кода.
Как правило, ваша имплентация должна быть:
while (read 128bits from input)
{
transform
write 128 bits to output
}
if encrypting
write number of bits remaining
read remaining data
pad to 128 bits
transform
write 128 bits
else
read number of bits left
read 128 bits
transform
write number of bits left bits