Одной из распространенных причин этого могут быть неэкранированные кавычки внутри строкового параметра обработчика javascript, например:
onmouseover = 'myJavascriptFun ("мой так называемый" параметр "")'
По какой-то причине IE, в отличие, например, от FF, удаляет кавычки перед синтаксическим анализом javascript, поэтому приведенный выше код становится
onmouseover = 'myJavascriptFun ("мой так называемый" параметр "")'
поэтому после второго ожидается символ ")".
Параметр, конечно же, исходит из источника данных, поэтому его нужно было экранировать, используя htmlentities или такой метод.