1) У вас могут быть файлы в вашем проекте, которые жестко связаны с каталогом system32 (который теперь является вашим 64-битным системным каталогом), когда на самом деле они находятся в C: \ windows \ SysWOW64 (теперь ваш 32-битныйкаталог).
2) Также у вас могут быть файлы, которые ваш код ожидает регистрации в GAC, но их там тоже нет.
Надеюсь, это поможет вам.