Это довольно просто. Предполагая, что ваши T и F IsInPunch сбалансированы, то есть на любой день, у вас будет T-F или T-F-T-F и т. Д. (Всегда в паре), просто сложите F и вычтите общее количество T.
select empcode, DateValue(PunchTime),
sum(IIF(IsInPunch='F',PunchTime,0)) -
sum(IIF(IsInPunch='T',PunchTime,0))
from TimeSheet
group by empcode, DateValue(PunchTime)
(нет доступа к Access, но проверьте синтаксис)