Вы уверены, что это то, что вы хотите сделать? Я только что протестировал в своей установке Eclipse, и все, что уже является PHP-проектом, имеют эту опцию серым цветом. Единственный проект, на котором я могу выбрать эту опцию, - это проект Java.
Если вы создаете проект с помощью File -> New -> PHP Project, вам не нужно ничего делать, чтобы включить поддержку PHP.