'TBODY TR' в качестве селектора в вызове разбивки на страницы будет совпадать и в ваших скрытых строках редактирования.
Попробуйте создать селектор, который не будет соответствовать этим редактируемым строкам.
ДляНапример,
$(".tablesorter").paginate({ limit: 3, content: 'TBODY TR.dataline' });