Хорошо, я нашел ответ, и я был немного не в курсе.
Дополнительные сведения: ошибка произошла в VsTemplatePathsTarget файла Microsoft.VsSDK.targets при вызове пользовательской задачи VsTemplatePaths. Маленький отражатель (отличный инструмент!) Сказал мне, что пытается найти ключ реестра выше.
Когда я отслеживал его более внимательно, я обнаружил, что ключ не присутствовал в HKLM, но находился в HKCU, но отражатель и некоторые сообщения трассировки говорили, что он использует HKCU. Точнее, рассматриваемый ключ присутствует под моей учетной записью в HKEY_USER, но не под учетной записью, под которой работает сборка TFS.
Оказывается, моя последовательность автоматической установки была такой, что учетная запись сборки была создана после установки VS SDK, поэтому при настройке параметров реестра она делала это только для существующих пользователей, а не для пользователя по умолчанию.