Windows поддерживает прямую косую черту /
, а также обратную косую черту \
, поэтому, используя только прямые косые черты, вы должны быть кросс-совместимы и меньше ухудшаться в долгосрочной перспективе.
<?php
$command = array("cd /","dir");
$result = system($command[0], $return);
?>
Wiki Path_Computing
Если у вас есть какие-либо ошибки, пожалуйста, опубликуйте их, так как проблема может быть не в том, что каталог коснулся, потому что вы сказали, что он ранее работал.