Вы должны закодировать строки URL перед их использованием:
header('Location: ' . urlencode("http://www.mywebsite.es/?parametersandapipe|") );
Чтобы разобрать его потом, используйте:
$query_string = urldecode($_SERVER['QUERY_STRING']);
Это гарантирует, что все символы будут «неэкранированными».