Первый вопрос, который должны задать люди ... в какой оболочке вы запускаете это?
$ MY_PWD=$(pwd)
будет работать в sh-like.
Я думаю, что `pwd` вызовет подоболочку, но, опять же, в зависимости от оболочки, синтаксис для задания выходного значения переменной будет зависеть от вашей оболочки.