То, что таблица является самоссылкой, является логикой приложения, она не выражена в определении SQL и, следовательно, не понимается EF.
Чтобы удалить эти записи через EF, вам нужно написать подпрограмму, которая начинается сверху и загружает все подпункты. Затем пометьте все эти элементы как удаленные, затем вызовите изменения сохранения.
Чтобы удалить элемент:
context.DeleteObject(item);
context.SaveChanges();