Если это управляемое окно (вы создали его с помощью System.Windows.Forms и оно унаследовало от System.Windows.Forms.Control), вы можете получить ссылку на объект Control с помощью
Control.FromHandle(myIntPtr);
Тогда вы просто получаете родительский элемент управления, пока не получите форму.
Если нет, вы не можете получить объект Control, хотя вы можете создать NativeWindow и назначить дескриптор IntPtr для объекта с помощью AssignHandle. По крайней мере, это даст вам некоторый доступ к WndProc и тому подобное, но это все.