Насколько я могу судить, для проектов баз данных Visual Studio 2010 на целевом компьютере потребуется .Net 4.0. Если вы проверяете распространяемые компоненты в % ProgramFiles% \ Microsoft Visual Studio 10.0 \ VSTSDB \ Deploy с помощью Reflector, вы увидите, что все они зависят от версии 4.0.0.0 библиотек инфраструктуры.
В дополнение к этому, файлы .deploymanifest (которые на самом деле являются скрытыми файлами MSBuild) указывают 4.0 в качестве версии инструментов MSBuild.
Похоже, что вам нужно было бы использовать Visual Studio Team System 2008 Редактирование базы данных GDR R2 (что, конечно, требует VS 2008), если вы хотите настроить таргетинг на .Net 3.5 на сервере базы данных.