если это LPCM (например, не сжатый), тогда используйте частоту дискретизации.
в псевдокоде:
double sampleRate = audioFile.getSampleRate();
size_t offsetInSeconds = 2;
size_t sampleToRead = sampleRate * offsetInSeconds * audioFile.getChannelCount();
AudioSample sample = audioFile.getSampleAt(sampleToRead);