Не желательно писать файл: ///. Действительно, это работает в системе Windows, но в Unix - были проблемы.
Вместо использования
myReq.put("xml", new String []{"file:" + System.getProperty("file.separator") +
getServletContext().getRealPath(DESTINATION_DIR_PATH) +
System.getProperty("file.separator") + xmlfile});
Вы можете написать
myReq.put("xml", new String [] {getUploadedFileURL (xmlfile)} );
, где
public String getUploadedFileURL(String filename) {
java.io.File filePath = new java.io.File(new
java.io.File(getServletContext().getRealPath(DESTINATION_DIR_PATH)),
filename);
return filePath.toURI().toURL().toString();