Без обид, как один разработчик другому, я боюсь, что ваша идея кажется ужасно неэффективной.
Мне кажется, что вместо объединения баз данных SQLite, вероятно, вам следует хранить несколько таблиц в одном файле базы данных.
Однако, если я ошибаюсь, я полагаю, вы могли бы присоединиться к базам данных, а затем использовать VIEW для упрощения ваших запросов. Или создайте таблицу в памяти и скопируйте все данные (но это еще хуже по производительности, особенно если у вас большие базы данных)