Являются ли необоснованные ссылки сторонними (код, который вы не компилируете), или ваш код?
Если вы сторонний разработчик, то вы хотите убедиться, что корень репозитория управления исходным кодом, на который вы указываете, приводит к проверке зависимостей. (или хуже, помещать их в GAC или устанавливать на каждом сервере сборки, не очень хорошая идея, если вам не нужно)
Если ваш код, они построены проектом в том же решении или другом?
В той степени, в которой вы можете сделать один проект зависимым от другого, а затем указать сборку на решение, это хорошо.
Если 2 разных решения, то вы должны использовать Зависимости (раздел 5), чтобы установить зависимости Артефакта.